По типу хранимой информации базы данных делятся на документальные, лексикографические и фактографические. К документальным базам можно отнести библиографические, реферативные и полнотекстовые. Библиографические базы данных содержат только выходные данные печатных изданий (название, авторы, год издания, издательство, количество страниц и т.д.). Традиционным аналогом такой базы можно считать библиотечный каталог. Реферативные базы данных, помимо выходных данных, содержат краткое содержание (реферат) описываемой публикации. Полнотекстовые базы данных включают в себя полный текст документа. К ним относятся, например, справочные юридические системы, поскольку для работы с законами и нормативными актами необходим полный текст документа, а не только его выходные данные. Лексикографическими базами данных считаются различные словари (толковые словари, многоязычные словари, классификаторы и т.п.). Большая часть химических баз данных являются фактографическими.

Базы данных можно различать по степени структурированности информации. К неструктурированным следует отнести базы данных, организованные в виде семантических сетей. Частично структурированными являются гипертекстовые документы.

Структурированные базы данных, в свою очередь, по типу используемой модели данных делятся на иерархические, сетевые, объектно-ориентированные и реляционные. Первые две модели являются теоретико-графовыми, т.е. отражают совокупность объектов реального мира в виде графа взаимосвязанных информационных объектов. Иерархическая модель наилучшим образом подходит для описания таких предметных областей, в которых имеется естественная иерархия объектов, например, сборка сложного изделия из комплектующих. В то же время она обладает избыточностью и недостаточной гибкостью. Сетевая модель частично устраняет недостатки предшественницы, но за счет существенного усложнения.

В настоящее время большинство коммерческих СУБД основано на реляционной модели данных. Объектно-ориентированные базы данных считаются перспективными, в первую очередь благодаря встроенным средствам моделирования взаимодействия объектов, однако коммерческого признания пока не получили.

Существуют также и других классифицирующие признаки, например, характер организации хранения данных. По этому признаку можно отличить персональные, интегрированные и распределенные базы данных. По форме представления информации можно выделить мультимедийные системы баз данных, в которых, помимо текстовых, числовых и графических данных имеются аудио-, видео- и мультимедийная информация, а также имеются средства поиска мультимедийных данных.